Existem centenas de parasitas internos que atacam os eqüinos. No entanto, poucos podem causar problemas sérios e, às vezes, resultar em morte súbita.

Os principais sintomas apresentados por um animal vítima de parasitas internos são: fraqueza geral, aparência ruim (barriga grande), pelagem áspera, crescimento lento, cólica e , às vezes, diarréia.

Os tipos de parasitas internos são:

Estrôngilos - Parasitas que mais afetam os eqüinos. Eles se alimentam do sangue e podem produzir uma toxina que mata as células sanguíneas. Este tipo de parasita se divide em dois grupos:
a) grandes -Mais destrutivos devido às suas migrações atráves dos tecidos do corpo.
b) pequenos -Não migram através dos tecidos do corpo e ficam confinados ao trato gastrintestinal.

Áscaris - tipo de parasita que ataca mais os animais jovens, isto porque os adultos desenvolvem uma imunidade contra este tipo de verme, sendo difícil ser encontrado em eqüinos com mais de cinco anos de idade.

Gasterófilas -As larvas destas moscas se prendem ao revestimento interno do estômago dos eqüinos, onde ficam de 9 a 12 meses sugando o sangue e, frequentemente, interferindo na digestão normal. As moscas gasterófilas não picam os cavalos, mas os incomodam com o zumbido que fazem quando depositam seus ovos nos pêlos dos membros, pescoço e lábios. Os ovos entram na boca e migram através dos tecidos das bochechas, língua e faringe até alcançarem o estômago.
Para melhor controlar essas larvas deve-se usar duas vezes por semana um barbeador para remover os pêlos onde os ovos foram depositados. É importante também a vermifugação duas vezes por ano.

Oxiúros -Pequenos vermes brancos que incomodam mais os eqüinos quando põem seus ovos. Os vermes adultos se alojam no intestino grosso, onde se acasalam. A fêmea vai para o reto e põe os ovos para fora do ânus do cavalo, que depois os ingere junto com a comida ou água contaminada. Os oxiúros adultos vivem na matéria vegetal do conteúdo intestinal; já as larvas se alimentam do revestimento do intestino. Esse parasita migra pelos tecidos do corpo.

Habronema - É um verme singular dos eqüinos, uma vez que precisa da mosca doméstica comum como hospedeiro intermediário para completar seu ciclo de vida. Os vermes adultos vivem no estômago onde se acasalam e põem os ovos. Estes ovos são eliminados no esterco. As larvas da mosca doméstica ingerem esses ovos e, quando se transformam em adultos, carregam no seu corpo e probóscide (aparelho bucal) as larvas infestantes do habronema. Os eqüinos geralmente são reinfestados quando engolem essas moscas mortas ou quando as larvas infestantes são depositadas nos seus lábios pelas moscas. O que também pode ocorrer é que os eqüinos tenham suas feridas acidentalmente infestadas por larvas depositadas por moscas, estas larvas migram através do tecido e dificultam a cura das feriadas. Estas lesões são chamadas "feridas de verão".

Oncocerca - Vermes com aparência de fios de cabelo, vivem no tecido conjuntivo do pescoço e, quando adultos, produzem uma larva microfilária que migra através do tecido conjuntivo e se aloja principalmente na parte inferior do corpo, ao longo da linha média, do peito à área inguinal. Lesões úmidas de pele geralmente resultam disso, e é através dessas áreas lesadas que os insetos adquirem as microfilárias e são capazes de passá-las aos outros eqüinos.

A maneira mais adequeda para prevenir o ataque desses parasitas, ou tratar do animal quando se manifestam são:

a) Providenciar condições sanitárias de alimentação e água para que não haja contaminação pelo esterco.

b) Remover o esterco diariamente das cocheiras e, pelo menos uma vez por semana dos piquetes;

c) Permitir descanso periódico de dois meses para os pastos permanentes, reduzindo efetivamente as larvas infestantes de parasitas;

d) Não colocar muitos animais juntos, reduzindo, assim, a exposição aos parasitas;

e) Nunca espalhar esterco fresco de cavalos nos pastos, pois é mais seguro guardar o esterco por, no mínimo, dias semanas;

f) Vermifugar todos os animais antes de coloca-lós num pasto novo;

g) Consultar sempre um veterinário

O tratamento são descanso, não deixar o animal em corrente de vento, deixar fora de contato com chuva e redução na rações. O veterinário deve avaliar as condições para decidir se está em condições de continuar a atividade física e se precisa receitar algum medicamento. A nutrição equilibrada fortalece os cavalos e não deixa-lo em lugares muito úmidos ajuda contra as gripes .[quote]